危害识别是我们在依据ISO22000标准审核的过程中经常发现不符合的过程之一，对于危害识别的对象，不少企业还停留HACCP体系的要求阶段，即识别对象从原料验收开始，到产品交付结束。而ISO22000标准7.4.2.1要求企业“应识别并记录与产品类别、过程类别和实际生产设施相关的所有合理预期发生的食品安全危害。”
因此，企业在危害识别时，首先依据界定的体系范围识别产品类别，如蔬菜罐头、玉兔甜包[属于米面制品]、鱼丸[属于速冻食品]等。然后，在已识别的不同产品类别的基础上，识别产品的实现过程，其中包括原料验收到产品交付的主过程，也包括产品运输[外包过程]、设备维护保养[辅助过程]、设备的清理[清洗和消毒过程]等生产辅助过程。然后再识别与生产设施相关的食品安全危害，如饮料生产企业的洁净厂房，判定和识别由生产设施的不足可能带来的食品安全危害。
在危害识别时可以不考虑前提方案的实施效果，因为危害识别的本身目的是识别“所有可能合理预期发生的食品安全危害”。